Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC21.3■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC21.29■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC21.28■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC21.27■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SMARCAL1Q9NZC9 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
SMARCAL1Q9NZC9 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
SMARCAL1Q9NZC9 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
SMARCAL1Q9NZC9 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCAL1Q9NZC9 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCAL1Q9NZC9 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCAL1Q9NZC9 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCAL1Q9NZC9 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCAL1Q9NZC9 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCAL1Q9NZC9 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCAL1Q9NZC9 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SMARCAL1Q9NZC9 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.9 ms