Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC18.87■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC18.85■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.9 ms