Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC112Q8NEF3 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC112Q8NEF3 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC112Q8NEF3 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.8 ms