Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC24.45■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
SCN9AQ15858 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SCN9AQ15858 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
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