Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC19.69■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC19.69■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.68■□□□□ 0.74
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USP53Q70EK8 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC19.67■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC19.67■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC19.66■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
USP53Q70EK8 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
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