Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
DKK3Q9UBP4 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
DKK3Q9UBP4 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
DKK3Q9UBP4 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
DKK3Q9UBP4 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
DKK3Q9UBP4 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
DKK3Q9UBP4 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
DKK3Q9UBP4 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
DKK3Q9UBP4 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
DKK3Q9UBP4 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
DKK3Q9UBP4 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
DKK3Q9UBP4 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
DKK3Q9UBP4 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
DKK3Q9UBP4 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
DKK3Q9UBP4 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.87
DKK3Q9UBP4 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC20.44■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
DKK3Q9UBP4 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms