Protein–RNA interactions for Protein: Q4G0X9

CCDC40, Coiled-coil domain-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,142 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40Q4G0X9 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC40Q4G0X9 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.9 ms