Protein–RNA interactions for Protein: P31269

HOXA9, Homeobox protein Hox-A9, humanhuman

Predictions only

Length 272 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA9P31269 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA9P31269 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA9P31269 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA9P31269 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA9P31269 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA9P31269 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA9P31269 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC21.32■■□□□ 1
HOXA9P31269 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA9P31269 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC21.32■■□□□ 1
HOXA9P31269 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA9P31269 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA9P31269 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA9P31269 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA9P31269 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA9P31269 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA9P31269 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA9P31269 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC21.32■■□□□ 1
HOXA9P31269 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA9P31269 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
HOXA9P31269 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXA9P31269 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXA9P31269 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXA9P31269 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
HOXA9P31269 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXA9P31269 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
HOXA9P31269 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
HOXA9P31269 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXA9P31269 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
HOXA9P31269 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
HOXA9P31269 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC21.31■■□□□ 1
HOXA9P31269 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXA9P31269 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXA9P31269 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXA9P31269 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC21.3■■□□□ 1
HOXA9P31269 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXA9P31269 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXA9P31269 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXA9P31269 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXA9P31269 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXA9P31269 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXA9P31269 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXA9P31269 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXA9P31269 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXA9P31269 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXA9P31269 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXA9P31269 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA9P31269 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA9P31269 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA9P31269 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA9P31269 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA9P31269 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA9P31269 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA9P31269 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA9P31269 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA9P31269 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA9P31269 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC21.29■■□□□ 1
HOXA9P31269 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA9P31269 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA9P31269 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC21.29■■□□□ 1
HOXA9P31269 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA9P31269 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA9P31269 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA9P31269 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA9P31269 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA9P31269 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA9P31269 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA9P31269 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA9P31269 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA9P31269 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA9P31269 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA9P31269 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA9P31269 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA9P31269 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA9P31269 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA9P31269 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA9P31269 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA9P31269 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA9P31269 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA9P31269 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA9P31269 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA9P31269 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA9P31269 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA9P31269 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA9P31269 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA9P31269 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA9P31269 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC21.28■■□□□ 1
HOXA9P31269 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA9P31269 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC21.28■■□□□ 1
HOXA9P31269 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA9P31269 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA9P31269 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA9P31269 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA9P31269 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA9P31269 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXA9P31269 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXA9P31269 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXA9P31269 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXA9P31269 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXA9P31269 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXA9P31269 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms