Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL5A3P25940 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
COL5A3P25940 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL5A3P25940 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL5A3P25940 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL5A3P25940 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL5A3P25940 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL5A3P25940 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL5A3P25940 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL5A3P25940 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL5A3P25940 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL5A3P25940 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL5A3P25940 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL5A3P25940 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL5A3P25940 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL5A3P25940 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
COL5A3P25940 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
COL5A3P25940 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.75
COL5A3P25940 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
COL5A3P25940 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.75
COL5A3P25940 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.75
COL5A3P25940 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
COL5A3P25940 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms