Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HPS3Q969F9 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HPS3Q969F9 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HPS3Q969F9 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HPS3Q969F9 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HPS3Q969F9 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
HPS3Q969F9 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
HPS3Q969F9 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
HPS3Q969F9 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
HPS3Q969F9 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
HPS3Q969F9 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
HPS3Q969F9 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
HPS3Q969F9 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
HPS3Q969F9 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC22.6■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
HPS3Q969F9 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms