Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SKA3Q8IX90 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.7 ms