Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SF3A1Q15459 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
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