Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
COL9A3Q14050 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL9A3Q14050 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
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