Protein–RNA interactions for Protein: Q9C0C7

AMBRA1, Activating molecule in BECN1-regulated autophagy protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,298 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
AMBRA1Q9C0C7 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
AMBRA1Q9C0C7 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
AMBRA1Q9C0C7 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
AMBRA1Q9C0C7 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
AMBRA1Q9C0C7 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
AMBRA1Q9C0C7 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
AMBRA1Q9C0C7 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
AMBRA1Q9C0C7 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
AMBRA1Q9C0C7 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
AMBRA1Q9C0C7 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
AMBRA1Q9C0C7 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
AMBRA1Q9C0C7 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
AMBRA1Q9C0C7 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
AMBRA1Q9C0C7 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
AMBRA1Q9C0C7 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
AMBRA1Q9C0C7 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
AMBRA1Q9C0C7 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC24.45■■□□□ 1.5
AMBRA1Q9C0C7 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
AMBRA1Q9C0C7 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
AMBRA1Q9C0C7 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
AMBRA1Q9C0C7 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
AMBRA1Q9C0C7 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
AMBRA1Q9C0C7 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
AMBRA1Q9C0C7 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
AMBRA1Q9C0C7 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
AMBRA1Q9C0C7 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
AMBRA1Q9C0C7 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
AMBRA1Q9C0C7 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
AMBRA1Q9C0C7 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
AMBRA1Q9C0C7 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
AMBRA1Q9C0C7 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
AMBRA1Q9C0C7 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
AMBRA1Q9C0C7 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
AMBRA1Q9C0C7 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
AMBRA1Q9C0C7 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
AMBRA1Q9C0C7 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
AMBRA1Q9C0C7 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
AMBRA1Q9C0C7 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
AMBRA1Q9C0C7 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
AMBRA1Q9C0C7 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
AMBRA1Q9C0C7 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
AMBRA1Q9C0C7 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
AMBRA1Q9C0C7 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
AMBRA1Q9C0C7 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
AMBRA1Q9C0C7 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
AMBRA1Q9C0C7 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
AMBRA1Q9C0C7 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
AMBRA1Q9C0C7 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.33■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
AMBRA1Q9C0C7 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
AMBRA1Q9C0C7 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
AMBRA1Q9C0C7 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
AMBRA1Q9C0C7 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
AMBRA1Q9C0C7 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
AMBRA1Q9C0C7 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
AMBRA1Q9C0C7 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
AMBRA1Q9C0C7 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
AMBRA1Q9C0C7 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
AMBRA1Q9C0C7 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
AMBRA1Q9C0C7 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
AMBRA1Q9C0C7 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
AMBRA1Q9C0C7 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
AMBRA1Q9C0C7 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
AMBRA1Q9C0C7 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
AMBRA1Q9C0C7 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
AMBRA1Q9C0C7 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
AMBRA1Q9C0C7 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
AMBRA1Q9C0C7 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
AMBRA1Q9C0C7 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
AMBRA1Q9C0C7 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
AMBRA1Q9C0C7 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
AMBRA1Q9C0C7 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
AMBRA1Q9C0C7 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
AMBRA1Q9C0C7 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
AMBRA1Q9C0C7 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
AMBRA1Q9C0C7 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 675.1 ms