Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC28BQ9BUN5 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC28BQ9BUN5 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC28BQ9BUN5 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC28BQ9BUN5 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC28BQ9BUN5 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC28BQ9BUN5 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC28BQ9BUN5 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC28BQ9BUN5 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC28BQ9BUN5 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC28BQ9BUN5 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC28BQ9BUN5 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC28BQ9BUN5 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC28BQ9BUN5 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC28BQ9BUN5 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC28BQ9BUN5 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC28BQ9BUN5 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC28BQ9BUN5 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC28BQ9BUN5 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC28BQ9BUN5 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC28BQ9BUN5 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC28BQ9BUN5 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC28BQ9BUN5 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC28BQ9BUN5 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC28BQ9BUN5 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC28BQ9BUN5 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC28BQ9BUN5 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC28BQ9BUN5 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CCDC28BQ9BUN5 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
CCDC28BQ9BUN5 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC28BQ9BUN5 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC28BQ9BUN5 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC28BQ9BUN5 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC28BQ9BUN5 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC28BQ9BUN5 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC28BQ9BUN5 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC28BQ9BUN5 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC28BQ9BUN5 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC28BQ9BUN5 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC28BQ9BUN5 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC28BQ9BUN5 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC28BQ9BUN5 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC28BQ9BUN5 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC28BQ9BUN5 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC28BQ9BUN5 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC28BQ9BUN5 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC28BQ9BUN5 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC28BQ9BUN5 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC28BQ9BUN5 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC28BQ9BUN5 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC28BQ9BUN5 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC28BQ9BUN5 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC28BQ9BUN5 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC28BQ9BUN5 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC28BQ9BUN5 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC28BQ9BUN5 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC28BQ9BUN5 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC28BQ9BUN5 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC28BQ9BUN5 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC28BQ9BUN5 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC28BQ9BUN5 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC28BQ9BUN5 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC28BQ9BUN5 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC28BQ9BUN5 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC28BQ9BUN5 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC28BQ9BUN5 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC28BQ9BUN5 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC28BQ9BUN5 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC28BQ9BUN5 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC28BQ9BUN5 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC28BQ9BUN5 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC28BQ9BUN5 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC28BQ9BUN5 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC28BQ9BUN5 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC28BQ9BUN5 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC28BQ9BUN5 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC28BQ9BUN5 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC28BQ9BUN5 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC28BQ9BUN5 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC28BQ9BUN5 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC28BQ9BUN5 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC28BQ9BUN5 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC28BQ9BUN5 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC28BQ9BUN5 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC28BQ9BUN5 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC28BQ9BUN5 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC28BQ9BUN5 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC28BQ9BUN5 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC28BQ9BUN5 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC28BQ9BUN5 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC28BQ9BUN5 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC28BQ9BUN5 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC28BQ9BUN5 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC28BQ9BUN5 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC28BQ9BUN5 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC28BQ9BUN5 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC28BQ9BUN5 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC28BQ9BUN5 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC28BQ9BUN5 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC28BQ9BUN5 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.2 ms