Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC54Q8NEL0 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC54Q8NEL0 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC54Q8NEL0 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC54Q8NEL0 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC54Q8NEL0 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC54Q8NEL0 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC54Q8NEL0 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC54Q8NEL0 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC54Q8NEL0 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC54Q8NEL0 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC54Q8NEL0 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC54Q8NEL0 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC54Q8NEL0 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC54Q8NEL0 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC54Q8NEL0 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC54Q8NEL0 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC54Q8NEL0 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC54Q8NEL0 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC54Q8NEL0 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC54Q8NEL0 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC54Q8NEL0 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC54Q8NEL0 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC54Q8NEL0 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC54Q8NEL0 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC54Q8NEL0 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC54Q8NEL0 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC54Q8NEL0 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC54Q8NEL0 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC54Q8NEL0 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC54Q8NEL0 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC54Q8NEL0 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC54Q8NEL0 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC54Q8NEL0 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC54Q8NEL0 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC54Q8NEL0 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC54Q8NEL0 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC54Q8NEL0 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC54Q8NEL0 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC54Q8NEL0 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC54Q8NEL0 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC54Q8NEL0 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC54Q8NEL0 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC54Q8NEL0 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC54Q8NEL0 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC54Q8NEL0 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC54Q8NEL0 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC54Q8NEL0 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC54Q8NEL0 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC54Q8NEL0 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC54Q8NEL0 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC54Q8NEL0 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC54Q8NEL0 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC54Q8NEL0 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC54Q8NEL0 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC54Q8NEL0 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC54Q8NEL0 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC54Q8NEL0 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC54Q8NEL0 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC54Q8NEL0 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC54Q8NEL0 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC54Q8NEL0 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC54Q8NEL0 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC54Q8NEL0 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC54Q8NEL0 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC54Q8NEL0 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC54Q8NEL0 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC54Q8NEL0 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC54Q8NEL0 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC54Q8NEL0 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC54Q8NEL0 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms