Protein–RNA interactions for Protein: P48380

RFX3, Transcription factor RFX3, humanhuman

Predictions only

Length 749 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RFX3P48380 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
RFX3P48380 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
RFX3P48380 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
RFX3P48380 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
RFX3P48380 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
RFX3P48380 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
RFX3P48380 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
RFX3P48380 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
RFX3P48380 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
RFX3P48380 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
RFX3P48380 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
RFX3P48380 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
RFX3P48380 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
RFX3P48380 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
RFX3P48380 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
RFX3P48380 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
RFX3P48380 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
RFX3P48380 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
RFX3P48380 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
RFX3P48380 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
RFX3P48380 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
RFX3P48380 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
RFX3P48380 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
RFX3P48380 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
RFX3P48380 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
RFX3P48380 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
RFX3P48380 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
RFX3P48380 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
RFX3P48380 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
RFX3P48380 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
RFX3P48380 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
RFX3P48380 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
RFX3P48380 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
RFX3P48380 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
RFX3P48380 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
RFX3P48380 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
RFX3P48380 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
RFX3P48380 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
RFX3P48380 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
RFX3P48380 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RFX3P48380 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RFX3P48380 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RFX3P48380 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RFX3P48380 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
RFX3P48380 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
RFX3P48380 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
RFX3P48380 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
RFX3P48380 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
RFX3P48380 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
RFX3P48380 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
RFX3P48380 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
RFX3P48380 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
RFX3P48380 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
RFX3P48380 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
RFX3P48380 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
RFX3P48380 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
RFX3P48380 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
RFX3P48380 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
RFX3P48380 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
RFX3P48380 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
RFX3P48380 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
RFX3P48380 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC24.27■■□□□ 1.48
RFX3P48380 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
RFX3P48380 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
RFX3P48380 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
RFX3P48380 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
RFX3P48380 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
RFX3P48380 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
RFX3P48380 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
RFX3P48380 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
RFX3P48380 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
RFX3P48380 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
RFX3P48380 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
RFX3P48380 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
RFX3P48380 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
RFX3P48380 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
RFX3P48380 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
RFX3P48380 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
RFX3P48380 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
RFX3P48380 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
RFX3P48380 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
RFX3P48380 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
RFX3P48380 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
RFX3P48380 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
RFX3P48380 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
RFX3P48380 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
RFX3P48380 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
RFX3P48380 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
RFX3P48380 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
RFX3P48380 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
RFX3P48380 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
RFX3P48380 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
RFX3P48380 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
RFX3P48380 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
RFX3P48380 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
RFX3P48380 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
RFX3P48380 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
RFX3P48380 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
RFX3P48380 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
RFX3P48380 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 108.7 ms