Protein–RNA interactions for Protein: P41225

SOX3, Transcription factor SOX-3, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX3P41225 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SOX3P41225 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SOX3P41225 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SOX3P41225 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SOX3P41225 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SOX3P41225 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SOX3P41225 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SOX3P41225 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SOX3P41225 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SOX3P41225 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SOX3P41225 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SOX3P41225 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SOX3P41225 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SOX3P41225 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SOX3P41225 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SOX3P41225 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SOX3P41225 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SOX3P41225 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SOX3P41225 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SOX3P41225 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SOX3P41225 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SOX3P41225 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SOX3P41225 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SOX3P41225 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SOX3P41225 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SOX3P41225 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SOX3P41225 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SOX3P41225 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SOX3P41225 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SOX3P41225 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SOX3P41225 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SOX3P41225 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SOX3P41225 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SOX3P41225 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SOX3P41225 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SOX3P41225 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SOX3P41225 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SOX3P41225 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SOX3P41225 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SOX3P41225 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SOX3P41225 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SOX3P41225 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SOX3P41225 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SOX3P41225 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SOX3P41225 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SOX3P41225 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SOX3P41225 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SOX3P41225 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SOX3P41225 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SOX3P41225 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SOX3P41225 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SOX3P41225 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SOX3P41225 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SOX3P41225 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SOX3P41225 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SOX3P41225 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SOX3P41225 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SOX3P41225 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SOX3P41225 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SOX3P41225 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SOX3P41225 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SOX3P41225 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SOX3P41225 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SOX3P41225 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
SOX3P41225 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SOX3P41225 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SOX3P41225 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SOX3P41225 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SOX3P41225 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
SOX3P41225 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SOX3P41225 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SOX3P41225 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SOX3P41225 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SOX3P41225 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SOX3P41225 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SOX3P41225 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SOX3P41225 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SOX3P41225 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SOX3P41225 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SOX3P41225 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SOX3P41225 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SOX3P41225 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SOX3P41225 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SOX3P41225 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SOX3P41225 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SOX3P41225 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SOX3P41225 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SOX3P41225 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SOX3P41225 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SOX3P41225 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SOX3P41225 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SOX3P41225 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SOX3P41225 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SOX3P41225 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SOX3P41225 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SOX3P41225 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SOX3P41225 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SOX3P41225 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SOX3P41225 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SOX3P41225 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.4 ms