Protein–RNA interactions for Protein: P31431

SDC4, Syndecan-4, humanhuman

Predictions only

Length 198 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC4P31431 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
SDC4P31431 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
SDC4P31431 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SDC4P31431 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SDC4P31431 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SDC4P31431 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
SDC4P31431 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SDC4P31431 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SDC4P31431 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
SDC4P31431 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SDC4P31431 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
SDC4P31431 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SDC4P31431 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SDC4P31431 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
SDC4P31431 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
SDC4P31431 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
SDC4P31431 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
SDC4P31431 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
SDC4P31431 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
SDC4P31431 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
SDC4P31431 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
SDC4P31431 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
SDC4P31431 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
SDC4P31431 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SDC4P31431 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
SDC4P31431 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC27.45■■□□□ 1.98
SDC4P31431 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
SDC4P31431 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC27.45■■□□□ 1.98
SDC4P31431 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
SDC4P31431 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
SDC4P31431 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
SDC4P31431 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
SDC4P31431 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
SDC4P31431 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
SDC4P31431 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
SDC4P31431 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
SDC4P31431 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
SDC4P31431 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
SDC4P31431 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
SDC4P31431 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
SDC4P31431 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
SDC4P31431 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
SDC4P31431 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
SDC4P31431 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
SDC4P31431 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
SDC4P31431 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC27.39■■□□□ 1.98
SDC4P31431 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
SDC4P31431 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
SDC4P31431 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
SDC4P31431 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
SDC4P31431 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
SDC4P31431 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
SDC4P31431 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
SDC4P31431 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
SDC4P31431 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
SDC4P31431 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
SDC4P31431 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
SDC4P31431 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
SDC4P31431 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
SDC4P31431 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
SDC4P31431 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
SDC4P31431 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
SDC4P31431 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
SDC4P31431 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
SDC4P31431 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
SDC4P31431 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
SDC4P31431 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
SDC4P31431 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
SDC4P31431 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
SDC4P31431 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
SDC4P31431 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
SDC4P31431 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
SDC4P31431 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
SDC4P31431 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
SDC4P31431 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
SDC4P31431 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
SDC4P31431 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
SDC4P31431 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
SDC4P31431 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
SDC4P31431 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
SDC4P31431 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
SDC4P31431 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
SDC4P31431 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
SDC4P31431 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
SDC4P31431 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
SDC4P31431 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
SDC4P31431 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
SDC4P31431 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
SDC4P31431 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
SDC4P31431 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
SDC4P31431 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
SDC4P31431 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
SDC4P31431 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
SDC4P31431 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
SDC4P31431 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
SDC4P31431 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
SDC4P31431 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
SDC4P31431 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
SDC4P31431 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
SDC4P31431 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC27.21■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms