Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC35.6■■■■□ 3.29
HOXC9P31274 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC35.6■■■■□ 3.29
HOXC9P31274 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC35.59■■■■□ 3.29
HOXC9P31274 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
HOXC9P31274 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.29
HOXC9P31274 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
HOXC9P31274 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC35.57■■■■□ 3.28
HOXC9P31274 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
HOXC9P31274 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC35.56■■■■□ 3.28
HOXC9P31274 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
HOXC9P31274 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
HOXC9P31274 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.55■■■■□ 3.28
HOXC9P31274 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
HOXC9P31274 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC35.55■■■■□ 3.28
HOXC9P31274 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
HOXC9P31274 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
HOXC9P31274 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
HOXC9P31274 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC35.54■■■■□ 3.28
HOXC9P31274 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
HOXC9P31274 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC35.53■■■■□ 3.28
HOXC9P31274 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
HOXC9P31274 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC35.51■■■■□ 3.28
HOXC9P31274 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.51■■■■□ 3.28
HOXC9P31274 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
HOXC9P31274 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
HOXC9P31274 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
HOXC9P31274 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
HOXC9P31274 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC35.48■■■■□ 3.27
HOXC9P31274 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC35.48■■■■□ 3.27
HOXC9P31274 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
HOXC9P31274 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC35.48■■■■□ 3.27
HOXC9P31274 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
HOXC9P31274 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
HOXC9P31274 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC35.46■■■■□ 3.27
HOXC9P31274 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.27
HOXC9P31274 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.27
HOXC9P31274 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.27
HOXC9P31274 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.44■■■■□ 3.26
HOXC9P31274 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
HOXC9P31274 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC35.42■■■■□ 3.26
HOXC9P31274 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC35.42■■■■□ 3.26
HOXC9P31274 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC35.42■■■■□ 3.26
HOXC9P31274 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC35.42■■■■□ 3.26
HOXC9P31274 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC35.42■■■■□ 3.26
HOXC9P31274 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC35.42■■■■□ 3.26
HOXC9P31274 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC35.42■■■■□ 3.26
HOXC9P31274 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC35.42■■■■□ 3.26
HOXC9P31274 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC35.42■■■■□ 3.26
HOXC9P31274 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
HOXC9P31274 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC35.41■■■■□ 3.26
HOXC9P31274 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.4■■■■□ 3.26
HOXC9P31274 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC35.4■■■■□ 3.26
HOXC9P31274 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
HOXC9P31274 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
HOXC9P31274 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.38■■■■□ 3.25
HOXC9P31274 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC35.37■■■■□ 3.25
HOXC9P31274 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
HOXC9P31274 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
HOXC9P31274 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC35.36■■■■□ 3.25
HOXC9P31274 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC35.35■■■■□ 3.25
HOXC9P31274 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC35.34■■■■□ 3.25
HOXC9P31274 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
HOXC9P31274 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.25
HOXC9P31274 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
HOXC9P31274 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
HOXC9P31274 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
HOXC9P31274 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC35.31■■■■□ 3.24
HOXC9P31274 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC35.31■■■■□ 3.24
HOXC9P31274 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
HOXC9P31274 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
HOXC9P31274 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC35.29■■■■□ 3.24
HOXC9P31274 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
HOXC9P31274 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC35.28■■■■□ 3.24
HOXC9P31274 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.27■■■■□ 3.24
HOXC9P31274 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
HOXC9P31274 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
HOXC9P31274 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC35.27■■■■□ 3.24
HOXC9P31274 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
HOXC9P31274 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.26■■■■□ 3.24
HOXC9P31274 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.26■■■■□ 3.23
HOXC9P31274 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC35.24■■■■□ 3.23
HOXC9P31274 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC35.23■■■■□ 3.23
HOXC9P31274 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
HOXC9P31274 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC35.21■■■■□ 3.23
HOXC9P31274 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC35.2■■■■□ 3.23
HOXC9P31274 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC35.19■■■■□ 3.22
HOXC9P31274 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC35.19■■■■□ 3.22
HOXC9P31274 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC35.19■■■■□ 3.22
HOXC9P31274 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
HOXC9P31274 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
HOXC9P31274 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.18■■■■□ 3.22
HOXC9P31274 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC35.17■■■■□ 3.22
HOXC9P31274 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC35.17■■■■□ 3.22
HOXC9P31274 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
HOXC9P31274 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.15■■■■□ 3.22
HOXC9P31274 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
HOXC9P31274 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
HOXC9P31274 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC35.15■■■■□ 3.22
HOXC9P31274 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
HOXC9P31274 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76.4 ms