Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
COL3A1P02461 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
COL3A1P02461 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC35.33■■■■□ 3.25
COL3A1P02461 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
COL3A1P02461 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC35.33■■■■□ 3.25
COL3A1P02461 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
COL3A1P02461 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC35.32■■■■□ 3.25
COL3A1P02461 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
COL3A1P02461 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
COL3A1P02461 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
COL3A1P02461 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC35.31■■■■□ 3.24
COL3A1P02461 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
COL3A1P02461 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC35.31■■■■□ 3.24
COL3A1P02461 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC35.3■■■■□ 3.24
COL3A1P02461 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC35.29■■■■□ 3.24
COL3A1P02461 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
COL3A1P02461 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.29■■■■□ 3.24
COL3A1P02461 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC35.29■■■■□ 3.24
COL3A1P02461 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
COL3A1P02461 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC35.28■■■■□ 3.24
COL3A1P02461 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC35.28■■■■□ 3.24
COL3A1P02461 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC35.27■■■■□ 3.24
COL3A1P02461 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC35.27■■■■□ 3.24
COL3A1P02461 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC35.25■■■■□ 3.23
COL3A1P02461 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC35.24■■■■□ 3.23
COL3A1P02461 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
COL3A1P02461 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC35.23■■■■□ 3.23
COL3A1P02461 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
COL3A1P02461 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC35.22■■■■□ 3.23
COL3A1P02461 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.21■■■■□ 3.23
COL3A1P02461 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.21■■■■□ 3.23
COL3A1P02461 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC35.21■■■■□ 3.23
COL3A1P02461 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.23
COL3A1P02461 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.22
COL3A1P02461 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
COL3A1P02461 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
COL3A1P02461 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.18■■■■□ 3.22
COL3A1P02461 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
COL3A1P02461 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
COL3A1P02461 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
COL3A1P02461 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC35.16■■■■□ 3.22
COL3A1P02461 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
COL3A1P02461 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
COL3A1P02461 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC35.14■■■■□ 3.22
COL3A1P02461 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.22
COL3A1P02461 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.13■■■■□ 3.21
COL3A1P02461 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC35.13■■■■□ 3.21
COL3A1P02461 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
COL3A1P02461 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
COL3A1P02461 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC35.09■■■■□ 3.21
COL3A1P02461 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.09■■■■□ 3.21
COL3A1P02461 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
COL3A1P02461 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
COL3A1P02461 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC35.07■■■■□ 3.21
COL3A1P02461 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC35.07■■■■□ 3.2
COL3A1P02461 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC35.07■■■■□ 3.2
COL3A1P02461 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.06■■■■□ 3.2
COL3A1P02461 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.06■■■■□ 3.2
COL3A1P02461 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
COL3A1P02461 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.05■■■■□ 3.2
COL3A1P02461 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC35.04■■■■□ 3.2
COL3A1P02461 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
COL3A1P02461 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC35.04■■■■□ 3.2
COL3A1P02461 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
COL3A1P02461 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC35.03■■■■□ 3.2
COL3A1P02461 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC35.03■■■■□ 3.2
COL3A1P02461 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC35.02■■■■□ 3.2
COL3A1P02461 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35.02■■■■□ 3.2
COL3A1P02461 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC35.02■■■■□ 3.2
COL3A1P02461 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.02■■■■□ 3.2
COL3A1P02461 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC35.02■■■■□ 3.2
COL3A1P02461 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.19
COL3A1P02461 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
COL3A1P02461 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC35■■■■□ 3.19
COL3A1P02461 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
COL3A1P02461 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35■■■■□ 3.19
COL3A1P02461 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.99■■■■□ 3.19
COL3A1P02461 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC34.99■■■■□ 3.19
COL3A1P02461 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
COL3A1P02461 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC34.97■■■■□ 3.19
COL3A1P02461 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.97■■■■□ 3.19
COL3A1P02461 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.97■■■■□ 3.19
COL3A1P02461 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC34.97■■■■□ 3.19
COL3A1P02461 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC34.95■■■■□ 3.19
COL3A1P02461 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC34.95■■■■□ 3.19
COL3A1P02461 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC34.95■■■■□ 3.18
COL3A1P02461 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC34.95■■■■□ 3.18
COL3A1P02461 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC34.94■■■■□ 3.18
COL3A1P02461 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
COL3A1P02461 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.93■■■■□ 3.18
COL3A1P02461 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.92■■■■□ 3.18
COL3A1P02461 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC34.91■■■■□ 3.18
COL3A1P02461 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
COL3A1P02461 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
COL3A1P02461 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
COL3A1P02461 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.9■■■■□ 3.18
COL3A1P02461 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC34.9■■■■□ 3.18
COL3A1P02461 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.9■■■■□ 3.18
COL3A1P02461 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
COL3A1P02461 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC34.89■■■■□ 3.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.4 ms