Protein–RNA interactions for Protein: O95716

RAB3D, Ras-related protein Rab-3D, humanhuman

Predictions only

Length 219 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RAB3DO95716 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
RAB3DO95716 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
RAB3DO95716 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
RAB3DO95716 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
RAB3DO95716 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
RAB3DO95716 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
RAB3DO95716 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
RAB3DO95716 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
RAB3DO95716 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
RAB3DO95716 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
RAB3DO95716 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
RAB3DO95716 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
RAB3DO95716 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
RAB3DO95716 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
RAB3DO95716 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
RAB3DO95716 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
RAB3DO95716 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
RAB3DO95716 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
RAB3DO95716 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
RAB3DO95716 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
RAB3DO95716 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
RAB3DO95716 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
RAB3DO95716 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
RAB3DO95716 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
RAB3DO95716 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
RAB3DO95716 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
RAB3DO95716 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
RAB3DO95716 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
RAB3DO95716 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
RAB3DO95716 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
RAB3DO95716 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
RAB3DO95716 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
RAB3DO95716 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
RAB3DO95716 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
RAB3DO95716 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
RAB3DO95716 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
RAB3DO95716 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
RAB3DO95716 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
RAB3DO95716 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
RAB3DO95716 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
RAB3DO95716 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
RAB3DO95716 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
RAB3DO95716 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
RAB3DO95716 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
RAB3DO95716 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
RAB3DO95716 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
RAB3DO95716 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
RAB3DO95716 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
RAB3DO95716 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
RAB3DO95716 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
RAB3DO95716 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
RAB3DO95716 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
RAB3DO95716 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
RAB3DO95716 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
RAB3DO95716 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
RAB3DO95716 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
RAB3DO95716 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
RAB3DO95716 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
RAB3DO95716 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
RAB3DO95716 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
RAB3DO95716 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
RAB3DO95716 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
RAB3DO95716 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
RAB3DO95716 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
RAB3DO95716 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
RAB3DO95716 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
RAB3DO95716 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
RAB3DO95716 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
RAB3DO95716 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
RAB3DO95716 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
RAB3DO95716 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
RAB3DO95716 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
RAB3DO95716 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
RAB3DO95716 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
RAB3DO95716 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
RAB3DO95716 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
RAB3DO95716 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
RAB3DO95716 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.11
RAB3DO95716 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
RAB3DO95716 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
RAB3DO95716 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
RAB3DO95716 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
RAB3DO95716 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
RAB3DO95716 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
RAB3DO95716 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
RAB3DO95716 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
RAB3DO95716 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
RAB3DO95716 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
RAB3DO95716 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
RAB3DO95716 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
RAB3DO95716 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
RAB3DO95716 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
RAB3DO95716 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
RAB3DO95716 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
RAB3DO95716 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
RAB3DO95716 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
RAB3DO95716 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
RAB3DO95716 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
RAB3DO95716 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
RAB3DO95716 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 102.5 ms