Protein–RNA interactions for Protein: O95025

SEMA3D, Semaphorin-3D, humanhuman

Predictions only

Length 777 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SEMA3DO95025 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SEMA3DO95025 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SEMA3DO95025 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SEMA3DO95025 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SEMA3DO95025 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SEMA3DO95025 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SEMA3DO95025 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SEMA3DO95025 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SEMA3DO95025 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SEMA3DO95025 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SEMA3DO95025 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SEMA3DO95025 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SEMA3DO95025 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SEMA3DO95025 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SEMA3DO95025 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SEMA3DO95025 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SEMA3DO95025 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SEMA3DO95025 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SEMA3DO95025 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SEMA3DO95025 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
SEMA3DO95025 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SEMA3DO95025 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SEMA3DO95025 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SEMA3DO95025 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SEMA3DO95025 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SEMA3DO95025 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SEMA3DO95025 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SEMA3DO95025 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SEMA3DO95025 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SEMA3DO95025 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SEMA3DO95025 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
SEMA3DO95025 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SEMA3DO95025 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SEMA3DO95025 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SEMA3DO95025 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
SEMA3DO95025 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SEMA3DO95025 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SEMA3DO95025 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SEMA3DO95025 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SEMA3DO95025 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SEMA3DO95025 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SEMA3DO95025 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SEMA3DO95025 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SEMA3DO95025 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SEMA3DO95025 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SEMA3DO95025 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SEMA3DO95025 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
SEMA3DO95025 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SEMA3DO95025 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SEMA3DO95025 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SEMA3DO95025 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SEMA3DO95025 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SEMA3DO95025 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SEMA3DO95025 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SEMA3DO95025 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SEMA3DO95025 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SEMA3DO95025 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SEMA3DO95025 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SEMA3DO95025 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SEMA3DO95025 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SEMA3DO95025 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SEMA3DO95025 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SEMA3DO95025 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SEMA3DO95025 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SEMA3DO95025 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SEMA3DO95025 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SEMA3DO95025 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SEMA3DO95025 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
SEMA3DO95025 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SEMA3DO95025 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SEMA3DO95025 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
SEMA3DO95025 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
SEMA3DO95025 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SEMA3DO95025 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SEMA3DO95025 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
SEMA3DO95025 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SEMA3DO95025 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SEMA3DO95025 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SEMA3DO95025 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
SEMA3DO95025 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SEMA3DO95025 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SEMA3DO95025 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SEMA3DO95025 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SEMA3DO95025 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SEMA3DO95025 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SEMA3DO95025 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SEMA3DO95025 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SEMA3DO95025 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SEMA3DO95025 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
SEMA3DO95025 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
SEMA3DO95025 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
SEMA3DO95025 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
SEMA3DO95025 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SEMA3DO95025 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SEMA3DO95025 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SEMA3DO95025 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SEMA3DO95025 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SEMA3DO95025 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SEMA3DO95025 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SEMA3DO95025 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms