Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6R9

CCDC61, Coiled-coil domain-containing protein 61, humanhuman

Predictions only

Length 512 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC61Q9Y6R9 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC61Q9Y6R9 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC61Q9Y6R9 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms