Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL5A3P25940 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC26.08■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC26.08■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
COL5A3P25940 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms