Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
MSH5O43196 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
MSH5O43196 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
MSH5O43196 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.98
MSH5O43196 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
MSH5O43196 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
MSH5O43196 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
MSH5O43196 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
MSH5O43196 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
MSH5O43196 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
MSH5O43196 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
MSH5O43196 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
MSH5O43196 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
MSH5O43196 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
MSH5O43196 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
MSH5O43196 AC092809.4-201ENST00000420350 1323 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
MSH5O43196 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
MSH5O43196 PSMC1P2-201ENST00000423961 1204 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
MSH5O43196 MTND1P31-201ENST00000449206 961 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
MSH5O43196 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
MSH5O43196 AC092953.2-201ENST00000608000 699 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
MSH5O43196 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC27.44■■□□□ 1.98
MSH5O43196 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
MSH5O43196 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
MSH5O43196 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
MSH5O43196 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
MSH5O43196 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
MSH5O43196 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
MSH5O43196 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
MSH5O43196 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
MSH5O43196 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
MSH5O43196 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
MSH5O43196 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
MSH5O43196 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
MSH5O43196 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
MSH5O43196 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
MSH5O43196 NAV2-AS1-201ENST00000526642 660 ntTSL 3 BASIC27.43■■□□□ 1.98
MSH5O43196 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC27.43■■□□□ 1.98
MSH5O43196 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC27.43■■□□□ 1.98
MSH5O43196 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
MSH5O43196 AC090950.1-202ENST00000605733 644 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
MSH5O43196 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
MSH5O43196 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
MSH5O43196 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
MSH5O43196 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
MSH5O43196 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
MSH5O43196 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
MSH5O43196 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
MSH5O43196 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
MSH5O43196 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
MSH5O43196 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
MSH5O43196 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
MSH5O43196 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
MSH5O43196 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
MSH5O43196 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
MSH5O43196 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
MSH5O43196 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
MSH5O43196 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
MSH5O43196 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
MSH5O43196 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
MSH5O43196 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
MSH5O43196 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC27.42■■□□□ 1.98
MSH5O43196 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
MSH5O43196 AC118465.1-201ENST00000513820 1271 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
MSH5O43196 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
MSH5O43196 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
MSH5O43196 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
MSH5O43196 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
MSH5O43196 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
MSH5O43196 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
MSH5O43196 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
MSH5O43196 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
MSH5O43196 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
MSH5O43196 CCDC7-209ENST00000539197 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
MSH5O43196 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
MSH5O43196 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC27.41■■□□□ 1.98
MSH5O43196 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
MSH5O43196 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
MSH5O43196 C1orf132-204ENST00000637970 1170 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
MSH5O43196 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
MSH5O43196 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
MSH5O43196 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
MSH5O43196 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
MSH5O43196 H3F3A-201ENST00000366813 1308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
MSH5O43196 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
MSH5O43196 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
MSH5O43196 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
MSH5O43196 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
MSH5O43196 CENPW-203ENST00000368328 750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
MSH5O43196 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
MSH5O43196 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
MSH5O43196 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
MSH5O43196 LINC02270-202ENST00000515691 541 ntTSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
MSH5O43196 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
MSH5O43196 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
MSH5O43196 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
MSH5O43196 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
MSH5O43196 AC084782.3-201ENST00000612282 578 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
MSH5O43196 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
MSH5O43196 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.5 ms