Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC26.86■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC26.85■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC26.83■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SHANK3Q9BYB0 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SHANK3Q9BYB0 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.4 ms