Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SF3A1Q15459 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
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