Protein–RNA interactions for Protein: Q96MR9

ZNF560, Zinc finger protein 560, humanhuman

Predictions only

Length 790 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF560Q96MR9 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
ZNF560Q96MR9 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
ZNF560Q96MR9 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms