Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC17.71■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CHD3Q12873 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
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