Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
HOXA4Q00056 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20 ms