Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL9A1P20849 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.5 ms