Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHHQ15465 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHHQ15465 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHHQ15465 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHHQ15465 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHHQ15465 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHHQ15465 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHHQ15465 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHHQ15465 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHHQ15465 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHHQ15465 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHHQ15465 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHHQ15465 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHHQ15465 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHHQ15465 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHHQ15465 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHHQ15465 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHHQ15465 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHHQ15465 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHHQ15465 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHHQ15465 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHHQ15465 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHHQ15465 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SHHQ15465 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHHQ15465 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHHQ15465 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHHQ15465 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHHQ15465 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHHQ15465 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SHHQ15465 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHHQ15465 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHHQ15465 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHHQ15465 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHHQ15465 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHHQ15465 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHHQ15465 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHHQ15465 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
SHHQ15465 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHHQ15465 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHHQ15465 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHHQ15465 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHHQ15465 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHHQ15465 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHHQ15465 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHHQ15465 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHHQ15465 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHHQ15465 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHHQ15465 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHHQ15465 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHHQ15465 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHHQ15465 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHHQ15465 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHHQ15465 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHHQ15465 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHHQ15465 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHHQ15465 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHHQ15465 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHHQ15465 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHHQ15465 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHHQ15465 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHHQ15465 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHHQ15465 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHHQ15465 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHHQ15465 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHHQ15465 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHHQ15465 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHHQ15465 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHHQ15465 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SHHQ15465 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHHQ15465 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHHQ15465 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHHQ15465 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHHQ15465 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHHQ15465 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHHQ15465 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHHQ15465 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SHHQ15465 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHHQ15465 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHHQ15465 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHHQ15465 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHHQ15465 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SHHQ15465 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHHQ15465 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHHQ15465 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHHQ15465 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SHHQ15465 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHHQ15465 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SHHQ15465 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHHQ15465 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHHQ15465 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SHHQ15465 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHHQ15465 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHHQ15465 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHHQ15465 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHHQ15465 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHHQ15465 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHHQ15465 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHHQ15465 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHHQ15465 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHHQ15465 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
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