Protein–RNA interactions for Protein: P61968

LMO4, LIM domain transcription factor LMO4, humanhuman

Predictions only

Length 165 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMO4P61968 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
LMO4P61968 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LMO4P61968 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LMO4P61968 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LMO4P61968 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LMO4P61968 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LMO4P61968 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LMO4P61968 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LMO4P61968 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LMO4P61968 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LMO4P61968 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LMO4P61968 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LMO4P61968 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LMO4P61968 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LMO4P61968 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LMO4P61968 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LMO4P61968 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LMO4P61968 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LMO4P61968 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
LMO4P61968 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LMO4P61968 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LMO4P61968 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
LMO4P61968 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LMO4P61968 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LMO4P61968 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LMO4P61968 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LMO4P61968 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LMO4P61968 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LMO4P61968 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LMO4P61968 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LMO4P61968 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LMO4P61968 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LMO4P61968 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LMO4P61968 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LMO4P61968 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LMO4P61968 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LMO4P61968 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LMO4P61968 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LMO4P61968 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LMO4P61968 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LMO4P61968 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LMO4P61968 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LMO4P61968 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LMO4P61968 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LMO4P61968 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LMO4P61968 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LMO4P61968 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LMO4P61968 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LMO4P61968 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LMO4P61968 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LMO4P61968 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LMO4P61968 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LMO4P61968 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LMO4P61968 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LMO4P61968 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LMO4P61968 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LMO4P61968 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LMO4P61968 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LMO4P61968 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
LMO4P61968 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LMO4P61968 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LMO4P61968 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
LMO4P61968 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LMO4P61968 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LMO4P61968 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LMO4P61968 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LMO4P61968 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LMO4P61968 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
LMO4P61968 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.8 ms