Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 SYNM-204ENST00000594047 6407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXA1P49639 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
HOXA1P49639 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
HOXA1P49639 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
HOXA1P49639 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
HOXA1P49639 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXA1P49639 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXA1P49639 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXA1P49639 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXA1P49639 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXA1P49639 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXA1P49639 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXA1P49639 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXA1P49639 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXA1P49639 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXA1P49639 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXA1P49639 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXA1P49639 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXA1P49639 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms