Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.9 ms