Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXC11O43248 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXC11O43248 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXC11O43248 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXC11O43248 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXC11O43248 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXC11O43248 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXC11O43248 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXC11O43248 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXC11O43248 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXC11O43248 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXC11O43248 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXC11O43248 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXC11O43248 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXC11O43248 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXC11O43248 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXC11O43248 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
HOXC11O43248 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
HOXC11O43248 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
HOXC11O43248 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
HOXC11O43248 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
HOXC11O43248 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
HOXC11O43248 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXC11O43248 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms