Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC25.05■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
BRPF3Q9ULD4 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC25.01■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC25.01■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC25■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC25■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
BRPF3Q9ULD4 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms