Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC28BQ9BUN5 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms