Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXD9P28356 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXD9P28356 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXD9P28356 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
HOXD9P28356 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXD9P28356 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXD9P28356 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXD9P28356 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXD9P28356 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
HOXD9P28356 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC21.31■■□□□ 1
HOXD9P28356 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC21.31■■□□□ 1
HOXD9P28356 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
HOXD9P28356 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC21.31■■□□□ 1
HOXD9P28356 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXD9P28356 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
HOXD9P28356 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXD9P28356 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXD9P28356 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
HOXD9P28356 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
HOXD9P28356 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXD9P28356 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXD9P28356 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXD9P28356 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXD9P28356 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXD9P28356 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXD9P28356 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXD9P28356 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXD9P28356 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXD9P28356 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXD9P28356 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXD9P28356 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXD9P28356 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD9P28356 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD9P28356 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD9P28356 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD9P28356 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD9P28356 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD9P28356 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD9P28356 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD9P28356 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD9P28356 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD9P28356 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD9P28356 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC21.29■■□□□ 1
HOXD9P28356 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD9P28356 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD9P28356 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD9P28356 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD9P28356 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXD9P28356 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD9P28356 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD9P28356 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD9P28356 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD9P28356 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD9P28356 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD9P28356 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD9P28356 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD9P28356 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC21.28■■□□□ 1
HOXD9P28356 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD9P28356 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD9P28356 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD9P28356 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD9P28356 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD9P28356 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD9P28356 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD9P28356 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC21.28■■□□□ 1
HOXD9P28356 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD9P28356 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD9P28356 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD9P28356 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXD9P28356 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXD9P28356 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXD9P28356 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXD9P28356 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC21.27■■□□□ 1
HOXD9P28356 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXD9P28356 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXD9P28356 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXD9P28356 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXD9P28356 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXD9P28356 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXD9P28356 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC21.27■■□□□ 1
HOXD9P28356 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC21.27■■□□□ 1
HOXD9P28356 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXD9P28356 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXD9P28356 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXD9P28356 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXD9P28356 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXD9P28356 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXD9P28356 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms