Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXD4P09016 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC18.72■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms