Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC39Q9UFE4 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48 ms