Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC25.14■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS53Q5VIR6 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.2 ms