Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC31.65■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC31.65■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC31.65■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.65■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC31.64■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC31.64■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC31.64■■■□□ 2.66
TCOF1Q13428 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC31.63■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC31.63■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC31.63■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC31.63■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC31.63■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC31.62■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC31.61■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.61■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC31.61■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC31.6■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC31.6■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.6■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC31.6■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC31.6■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC31.6■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC31.6■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC31.6■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC31.59■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC31.59■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.59■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC31.59■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC31.59■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC31.59■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC31.59■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC31.58■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.58■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC31.58■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC31.58■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.65
TCOF1Q13428 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC31.57■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC31.57■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC31.57■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC31.57■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC31.57■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC31.56■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.56■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.56■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC31.56■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC31.56■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC31.56■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC31.56■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC31.56■■■□□ 2.64
TCOF1Q13428 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC31.56■■■□□ 2.64
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