Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
CCDC42Q96M95 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
CCDC42Q96M95 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC42Q96M95 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC42Q96M95 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC42Q96M95 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC42Q96M95 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC42Q96M95 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.2 ms