Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC18■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC18■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.9 ms