Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A3Q01955 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL4A3Q01955 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms