Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6N9

USH1C, Harmonin, humanhuman

Predictions only

Length 552 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USH1CQ9Y6N9 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
USH1CQ9Y6N9 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
USH1CQ9Y6N9 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USH1CQ9Y6N9 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USH1CQ9Y6N9 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC26.44■■□□□ 1.82
USH1CQ9Y6N9 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
USH1CQ9Y6N9 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
USH1CQ9Y6N9 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
USH1CQ9Y6N9 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
USH1CQ9Y6N9 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
USH1CQ9Y6N9 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
USH1CQ9Y6N9 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
USH1CQ9Y6N9 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
USH1CQ9Y6N9 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
USH1CQ9Y6N9 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC26.39■■□□□ 1.81
USH1CQ9Y6N9 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
USH1CQ9Y6N9 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USH1CQ9Y6N9 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USH1CQ9Y6N9 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USH1CQ9Y6N9 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USH1CQ9Y6N9 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
USH1CQ9Y6N9 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
USH1CQ9Y6N9 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
USH1CQ9Y6N9 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
USH1CQ9Y6N9 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
USH1CQ9Y6N9 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
USH1CQ9Y6N9 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
USH1CQ9Y6N9 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
USH1CQ9Y6N9 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
USH1CQ9Y6N9 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
USH1CQ9Y6N9 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
USH1CQ9Y6N9 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
USH1CQ9Y6N9 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
USH1CQ9Y6N9 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
USH1CQ9Y6N9 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
USH1CQ9Y6N9 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
USH1CQ9Y6N9 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
USH1CQ9Y6N9 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
USH1CQ9Y6N9 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
USH1CQ9Y6N9 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
USH1CQ9Y6N9 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
USH1CQ9Y6N9 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
USH1CQ9Y6N9 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
USH1CQ9Y6N9 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
USH1CQ9Y6N9 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
USH1CQ9Y6N9 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
USH1CQ9Y6N9 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
USH1CQ9Y6N9 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
USH1CQ9Y6N9 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
USH1CQ9Y6N9 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
USH1CQ9Y6N9 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
USH1CQ9Y6N9 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
USH1CQ9Y6N9 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
USH1CQ9Y6N9 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
USH1CQ9Y6N9 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
USH1CQ9Y6N9 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
USH1CQ9Y6N9 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
USH1CQ9Y6N9 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
USH1CQ9Y6N9 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
USH1CQ9Y6N9 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
USH1CQ9Y6N9 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
USH1CQ9Y6N9 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
USH1CQ9Y6N9 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
USH1CQ9Y6N9 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
USH1CQ9Y6N9 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
USH1CQ9Y6N9 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
USH1CQ9Y6N9 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
USH1CQ9Y6N9 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
USH1CQ9Y6N9 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
USH1CQ9Y6N9 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
USH1CQ9Y6N9 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
USH1CQ9Y6N9 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
USH1CQ9Y6N9 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
USH1CQ9Y6N9 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USH1CQ9Y6N9 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
USH1CQ9Y6N9 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
USH1CQ9Y6N9 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USH1CQ9Y6N9 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
USH1CQ9Y6N9 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC26.12■■□□□ 1.77
USH1CQ9Y6N9 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
USH1CQ9Y6N9 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
USH1CQ9Y6N9 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
USH1CQ9Y6N9 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
USH1CQ9Y6N9 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
USH1CQ9Y6N9 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
USH1CQ9Y6N9 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
USH1CQ9Y6N9 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
USH1CQ9Y6N9 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
USH1CQ9Y6N9 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
USH1CQ9Y6N9 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
USH1CQ9Y6N9 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
USH1CQ9Y6N9 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
USH1CQ9Y6N9 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.08■■□□□ 1.76
USH1CQ9Y6N9 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.76
USH1CQ9Y6N9 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
USH1CQ9Y6N9 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
USH1CQ9Y6N9 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
USH1CQ9Y6N9 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
USH1CQ9Y6N9 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
USH1CQ9Y6N9 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.5 ms