Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCL28Q9NRJ3 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCL28Q9NRJ3 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCL28Q9NRJ3 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCL28Q9NRJ3 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCL28Q9NRJ3 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCL28Q9NRJ3 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCL28Q9NRJ3 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCL28Q9NRJ3 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CCL28Q9NRJ3 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CCL28Q9NRJ3 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
CCL28Q9NRJ3 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CCL28Q9NRJ3 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCL28Q9NRJ3 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCL28Q9NRJ3 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCL28Q9NRJ3 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCL28Q9NRJ3 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CCL28Q9NRJ3 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCL28Q9NRJ3 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCL28Q9NRJ3 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCL28Q9NRJ3 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCL28Q9NRJ3 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCL28Q9NRJ3 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCL28Q9NRJ3 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCL28Q9NRJ3 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCL28Q9NRJ3 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCL28Q9NRJ3 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCL28Q9NRJ3 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCL28Q9NRJ3 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCL28Q9NRJ3 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCL28Q9NRJ3 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCL28Q9NRJ3 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCL28Q9NRJ3 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCL28Q9NRJ3 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCL28Q9NRJ3 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCL28Q9NRJ3 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCL28Q9NRJ3 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCL28Q9NRJ3 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCL28Q9NRJ3 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCL28Q9NRJ3 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCL28Q9NRJ3 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCL28Q9NRJ3 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCL28Q9NRJ3 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCL28Q9NRJ3 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCL28Q9NRJ3 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCL28Q9NRJ3 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCL28Q9NRJ3 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCL28Q9NRJ3 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCL28Q9NRJ3 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCL28Q9NRJ3 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCL28Q9NRJ3 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCL28Q9NRJ3 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCL28Q9NRJ3 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCL28Q9NRJ3 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCL28Q9NRJ3 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCL28Q9NRJ3 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCL28Q9NRJ3 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCL28Q9NRJ3 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCL28Q9NRJ3 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCL28Q9NRJ3 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCL28Q9NRJ3 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCL28Q9NRJ3 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCL28Q9NRJ3 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCL28Q9NRJ3 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCL28Q9NRJ3 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCL28Q9NRJ3 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCL28Q9NRJ3 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCL28Q9NRJ3 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCL28Q9NRJ3 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCL28Q9NRJ3 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCL28Q9NRJ3 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCL28Q9NRJ3 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCL28Q9NRJ3 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCL28Q9NRJ3 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCL28Q9NRJ3 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCL28Q9NRJ3 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCL28Q9NRJ3 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
CCL28Q9NRJ3 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.1 ms