Protein–RNA interactions for Protein: Q9C037

TRIM4, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM4, humanhuman

Predictions only

Length 500 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM4Q9C037 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
TRIM4Q9C037 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
TRIM4Q9C037 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
TRIM4Q9C037 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
TRIM4Q9C037 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
TRIM4Q9C037 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
TRIM4Q9C037 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
TRIM4Q9C037 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
TRIM4Q9C037 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
TRIM4Q9C037 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
TRIM4Q9C037 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRIM4Q9C037 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRIM4Q9C037 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRIM4Q9C037 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRIM4Q9C037 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRIM4Q9C037 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRIM4Q9C037 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM4Q9C037 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM4Q9C037 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM4Q9C037 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM4Q9C037 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM4Q9C037 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
TRIM4Q9C037 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
TRIM4Q9C037 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
TRIM4Q9C037 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
TRIM4Q9C037 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TRIM4Q9C037 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
TRIM4Q9C037 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC26■■□□□ 1.75
TRIM4Q9C037 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TRIM4Q9C037 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
TRIM4Q9C037 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TRIM4Q9C037 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TRIM4Q9C037 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
TRIM4Q9C037 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRIM4Q9C037 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRIM4Q9C037 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRIM4Q9C037 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRIM4Q9C037 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRIM4Q9C037 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRIM4Q9C037 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRIM4Q9C037 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRIM4Q9C037 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TRIM4Q9C037 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRIM4Q9C037 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRIM4Q9C037 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRIM4Q9C037 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRIM4Q9C037 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRIM4Q9C037 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRIM4Q9C037 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRIM4Q9C037 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRIM4Q9C037 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
TRIM4Q9C037 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
TRIM4Q9C037 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
TRIM4Q9C037 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRIM4Q9C037 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRIM4Q9C037 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRIM4Q9C037 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
TRIM4Q9C037 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TRIM4Q9C037 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TRIM4Q9C037 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TRIM4Q9C037 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TRIM4Q9C037 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TRIM4Q9C037 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TRIM4Q9C037 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
TRIM4Q9C037 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
TRIM4Q9C037 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
TRIM4Q9C037 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
TRIM4Q9C037 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
TRIM4Q9C037 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
TRIM4Q9C037 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
TRIM4Q9C037 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TRIM4Q9C037 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
TRIM4Q9C037 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
TRIM4Q9C037 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRIM4Q9C037 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRIM4Q9C037 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRIM4Q9C037 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRIM4Q9C037 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
TRIM4Q9C037 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
TRIM4Q9C037 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
TRIM4Q9C037 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRIM4Q9C037 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRIM4Q9C037 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRIM4Q9C037 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRIM4Q9C037 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRIM4Q9C037 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRIM4Q9C037 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM4Q9C037 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM4Q9C037 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM4Q9C037 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM4Q9C037 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM4Q9C037 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TRIM4Q9C037 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM4Q9C037 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM4Q9C037 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM4Q9C037 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
TRIM4Q9C037 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRIM4Q9C037 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRIM4Q9C037 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRIM4Q9C037 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.69■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.6 ms